Exercise 3
PathComp: Generate Possible Reaction Paths
- ヒトのリジン分解系を探索してみる。
- Search against: で Homo sapiens (human) を選択する。または、Organism code: で hsa と入力する。
- Enter initial compound: に lysine、final compound に acetyl-coa と入力する。
- Cut off length を 10 に変更する。
- ここで、Compute ボタンを押すと化合物名でデータベースを検索しに行くので、C00047 Lysine と C00024 Acetyl-CoA を選択し、再度 Compute ボタンを押す。
- 計４つのパスが結果として得られる。
- Show as diagram では４つのパスの関係が分かる図を表示してくれる。
- 現在、すべてのパスが表示されない不具合が出ています。
- パスの色は反応が出てくるパスウェイのカテゴリーを表している (Reaction color を参照）。
- Show compound structure をクリックすると化合物の変化の流れが見える。
- Known pathways をクリックすると化合物リストで KEGG PATHWAY を検索しに行ってくれる。
- 一番上のパスは Lysine degradation もヒットするが途中の化合物が入っていないことが分かる。
- 一番下のパスで Lysyne degradation のヒットを見るとすべての化合物が入っていることが分かる。
- 同様のことがパスウェイデータから化合物を指定することによってもできる。
- Select map: で Lysine degradation、Search against: で Homo sapiens (human) を選択して、Show map ボタンを押す。
- ヒトのリジン分解系のパスウェイがクリッカブルマップで表示される。(拡大縮小や移動もできる）。
- マップ中の化合物の○をクリックすると compound のボックスにクリックした化合物の ID が自動的に入力されるので、今度は Lysine と Glutaryl-CoA を選んでみる。
- あとは同様です。
PathPred: Pathway Prediction server
- テトラクロロベンゼンの分解系を予測してみる。
- KEGG COMPOUND データベースに登録されている化合物であれば、ID を直接入力できる。例の C06594 はトリクロロベンゼン。
- Mol ファイルや SMILES フォーマットでの化合物入力もできる。SMILES の例がテトラクロロベンゼン。
- KEGG Compound ID や SMILES を入力して View structure をクリックすると構造を２次元表示してくれる。
- オプションで
- 最終産物が分かっている場合には Enter final compound で同様に入力できる。
- 計算には少し時間がかかるので電子メールで結果への URL を送ってもらうこともできる。
- Simcomp threshold は可能性のある反応を探索する際の構造類似性の最低スコア。
- Prediction cycle は資料の cycle B の回数。
- 計算結果は、グラフィック表示か個々のパス表示。KEGG のパスウェイに出てくる化合物まで行くか、上記の cycle で行けるところまで行った結果。
- CX で始まる化合物は KEGG COMPOUND にないもの、それ以外は KEGG COMPOUND ID。
- show path をクリックすると各パスの化合物構造を含めた詳細が表示される。
- RP 番号は使用した反応ペア、RC 番号は反応パターン。
- RP 番号の下の数字は反応の類似度スコア。化合物の数字はそこまで反応スコアの平均。
- RP 番号をクリックすると実際に使用した反応ペアと関連する反応パターン、反応、オーソログへのリンクが得られる。
- search reaitons in KEGG pathway は反応パターンのリストをクエリにしてパスウェイを検索してくれる。
PathSearch: Search Similar Reaction Paths
Last updated: 3 July, 2012